במרכז קיים חדר ניתוח חדיש וסטרילי המשמש את צוות המרפאה לניתוחים ופרוצדורות סטריליות בלבד. השמירה על הסטריליות הינה גבוהה במיוחד בחדר זה ועל כן לחדר זה נכנסים רק אנשי צוות כשעל נעליים ערדליים, כובעי ראש, מסיכה פה וחלוק ניתוח סטרילי.

בחדר הניתוח מבצעים ניתוחים שגרתיים כגון עיקורים וסרוסים, וניתוחים מורכבים יותר כגון אורטופדיה, ניתוחים של המעיים ושאר מערכת העיכול וכו'.